DINAS
- Dinas Pendidikan dan Kebudayaan
- Dinas Penanaman Modal, Pelayanan Terpadu Satu Pintu, Tenaga Kerja dan Transmigrasi
- Dinas Komunikasi, Informatika, dan Persandian
- Dinas Lingkungan Hidup
- Dinas Ketahanan Pangan
- Dinas Perumahan Rakyat dan Kawasan Permukiman
- Dinas Pekerjaan Umum dan Tata Ruang
- Dinas Kesehatan
- Dinas Pariwista, Kepemudaan, dan Olahraga
- Dinas Pertanian
- Dinas Perikanan
- Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa
- Dinas Perhubungan
- Dinas Perindustrian, Perdagangan, Koperasi Usaha Kecil dan Menengah
- Dinas Sosial
- Dinas Perpustakaan dan Arsip Daerah
- Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil
- Dinas Pengendalian Penduduk, Keluarga Berencana, Pemberdayaan Perempuan, Dan Perlindungan Anak
SEKRETARIAT DAERAH
- Bagian Pemerintahan
- Bagian Kesejahteraan Rakyat
- Bagian Hukum
- Bagian Perekonomian dan Sumberdaya Alam
- Bagian Administrasi Pembangunan
- Bagian Pengadaan Barang / Jasa
- Bagian Umum
- Bagian Organisasi
- Bagian Protokol dan Komunikasi Pimpinan
BADAN
- Badan Keuangan Daerah
- Badan Perencanaan Pembangunan Daerah
- Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia
- Badan Kesatuan Bangsa dan Politik
- Badan Penanggulangan Bencana Daerah
SATPOL PP
Satuan Polisi Pamong Praja dan Kebakaran
- Satuan Polisi Pamong Praja dan Kebakaran Kabupaten Konawe Kepulauan
UPTD
Unit Pelaksana Teknis Daerah
- Rumah Sakit Umum Daerah Kabupaten Konawe Kepulauan
- Instalasi Farmasi Kabupaten Konawe Kepulauan
SETWAN
Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat
- Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (DPRD) Kabupaten Konawe Kepulauan